三元塔始建于明万历三十三年（公元1605年），竣于万历三十五年（公元1607年）。七层八面，斗拱出檐砖石结构。塔门向西北，匾额楷书刻“三元塔”三字，两旁石刻对联“霞标插汉三千界，砥柱当潮九万程”。塔高十五丈三尺，基围十四丈。塔身中空，有螺旋石阶可登，各层藻井均由石砌并镶以不同的石刻浮雕图案。在塔的第五层内壁刻有明户部左侍郎林熙春撰写的三元塔铭“凤城之东，吉水一泓，两山对峙，万派朝宗。左昂右逊，华表偏隆，时维万历，群议攸同。乙巳建塔，丁末竣工，负巽抱乾，一柱凌空。路从内转，不觉身崇，牗窥星汉，檐散氛风。天地为小，云阶可通，影摇金刹，砥柱潮中。法轮永固，灝气新钟，元魁辈出，国泰民丰。”把建塔的经过以及该塔雄伟壮观的气势描述得淋漓尽致。    

       三元塔于公元一九一八年戊午潮州地震时遭严重破坏，震掉塔刹宝葫芦及一层半，但五层以下尚完整。